No cóż, skoro tak, to faktycznie full happy endu może nie być

No ale w każdym bądź razie zawsze możesz zagrać od nowa (nawet tą samą postacią którą przeszłaś ME2) i zrobić wszystko "prawidłowo".
Więcej wskazówek znajdziesz na forum odnośnie tego jak osiągnąć najlepsze zakończenie.
Np. tu:
http://social.biowar...index/4942807/1I jeszcze "kalkulator przetrwania"
http://social.biowar...index/4825495/5 
A tak w wielkim skrócie.
Przed wykonaniem questu z modułem Żniwiarza:
- wykonać misje lojalnościowe dla towarzyszy. (załagodzić konflikty: Miranda vs. Jack, Tali vs. Legion - opcje renegata, bądź idealisty)
- wykonać ulepszenia statku (pancerz, działko, osłony)
A podczas misji samobójczej:
[możliwe spoilery]- do szybu wypuścić: Tali lub Legiona
- na dowódcę drugiej drużyny wybrać: Jacob lub Miranda, lub Garrus
- wybrać biotyka do ochrony: Jack, Samara/Morinth
- Do eskorty załogantów można przydzielić obojętnie kogo.
[koniec możliwych spoilerów] 
Tym sposobem możliwy jest full mega happy end

A jeśli chodzi o szyb, to w sumie nie chciałbym za bardzo spoilerować bo nie wiem gdzie jesteś w grze, ale myślę, że za wiele to nie zdradzi. Podczas misji samobójczej dokonujesz kilku wyborów wśród towarzyszy (przydzielenie im zadań) Jednym z nich jest wybór kogo wpuścić do szybu, nieodpowiednia osoba może sobie nie poradzić.
Wyżej napisałem kto sobie poradzi z jakim zadaniem. A i też pomocne mogą być linki które również zamieściłem.