Aktuell kann das niemand klar sagen. Was man im Moment sagen kann ist, dass Thedas in Unruhe ist:
Etliche Templer haben sich von der Kirche losgesagt und einige von diesen sind von dem roten Lyrium abhängig.
Die Magier haben sich von der Kirche ebenso losgesagt und auch innerhalb der Magier gibt es radikale Splittergruppen.
Bürgerkrieg in Orlais. Die Kaiserin ist verschwunden und etliche Adlige wollen das laut ihrer Ansicht abtrünnige Territorium Ferelden zurückerobern.
Was aber wohl im Kontext zum Wächter wichtiger ist: Wenn ich mich richtig erinnere werden am Ende von Akt 2 nicht näher definierte Probleme innerhalb der Wächter angesprochen. Es kann sein, dass es damit zu tun hat.
Da man in Inquisition auf Morrigan trifft ist anzunehmen, dass sie nicht mehr hinter dem Eluvian ist. Ein Treffen mit dem Wächter ist recht unwarscheinlich und ich würde dem Ganzen nicht soviel Gewicht beimessen. Zu einem stammt die Aussage von Alistair und zum anderen kann er Offscreen immernoch auf Alistair treffen und dabei ebenso Offscreen MIA oder KIA (Missing In Action bzw. Killed In Action) gehen.
Edit: Wobei die Fans ja generell ungehalten auf sowas reagieren, siehe ME3. 